一是围绕水环境保护政策制度建立执行情况开展审计。重点审查区水务局是否按照水污染防治法要求，及时将水环境保护工作纳入地方政府国民经济和社会发展规划，检查规划实施情况；建立水环境保护目标责任制和考核评级制度；出台河长制实施方案、相关制度和考核办法。

二是围绕水环境相关约束性指标、目标任务完成情况开展审计。重点审查水功能区水质达标率控制目标、水污染防治目标责任完成情况；审查相关数据来源、生成过程的真实性和合规性，有无数据不规范甚至擅自修改结果数据等问题。

三是围绕消除劣五类水体任务完成情况开展审计。重点审查全区河流断面水质控制治理情况；河库水域岸线综合治理情况；入河排污口综合整治情况；依法关闭搬迁禁养区内规模畜禽养殖场户情况。

四是围绕黑臭水体治理任务完成情况开展审计。重点审查全区黑臭水体消除情况；城镇污水处理厂升级改造和管网配套情况；对纳入污水处理管网的企业监管到位情况。